La historia de la educación tiene sus raíces desde antes de la fundación de la Fuerza Naval; es decir, se inicia desde 1949 y ha permitido la profesionalización de la gente de mar a través de los años; o sea, que la educación e instrucción naval no se realizó en escuelas de instrucción y educación en forma permanente, debido a que las escuelas de enseñanza naval no funcionaron por períodos continuos y debido a la situación que la Rama Naval vivió. Así que, muchos de los cursos impartidos al personal, se realizaron planificándolos en base a las necesidades de la Marina Nacional y con medios propios de la Base Naval.
A principios de 1949, se contrata los servicios del ciudadano francés Enseigne Charles Sarrat como asesor naval para El Salvador. El perteneció a la Marina de Guerra de Francia, quien se convertiría en el primer Director de la Escuela de Marina.
El 05 de septiembre de 1949, el Consejo Revolucionario de Gobierno emite el Decreto Legislativo Nº. 804, en el que autoriza la creación de la Escuela de Marina y automáticamente se independiza el Departamento de Marina y Aviación del Ministerio de la Defensa. En 1962 deja de funcionar la Escuela de Marina, pero no se tiene un dato exacto del motivo de su cierre. En enero de 1950 se emite la Orden General en la que se autorizan los traslados de ocho Sres. oficiales que integraran los cursos de marina. Asimismo, se ordena a todas la guarniciones militares enviar voluntarios para integrar la nueva Rama, también, al Curso de Marinería se presentan 100 aspirantes, quienes posteriormente se destacarían a los Puertos de La Libertad, Acajutla y La Unión.
El 05 de enero de 1950, la Escuela de Marina no tenía lugar propio, por lo que en esta fecha se le asignó un hangar de la Fuerza Aérea, donde se albergaron los Cursos de: oficiales, clases y gavieros y se iniciaron las clases teóricas; las prácticas de navegación (remo, vela y propulsión) se hicieron en el lago de Ilopango, utilizando las diez lanchas remeras y dos pinazas de madera de 10 remos, estas últimas compradas a Canadá en noviembre de 1949.
En 1950, la Escuela de Marina inició el año lectivo con los siguientes instructores:
| Sr. Cap. YANEZ URIAS | Instructor de las materias fundamentales del mando |
| Ing CHARLES SARRAT | Instructor de Navegación |
| Sr. EUGENIO CORTEZ | Instructor de Nudos y Ajustes |
| Sr. JOSE DEL C. REYES | Instructor de Vela y Remo |
| Sr. LUIS ALONSO ALVAREZ | Instructor de Torno y Fresadora |
| Sr. JORGE BIGUER | Instructor de Navegación |
| Sr. FRANCISCO ACUÑA | Instructor de Vela y Remo |
| Sr. DARIO MENDOZA FLORES | Instructor de Telegrafía |
| Sr. JOSE ANTONIO VANEGAS | Instructor de Mecánica |
| Sr. EMILIO MEDRANO SANTOS | Instructor de Mecánica |
| Sr. ARTURO AGUIRRE | Carpintero de Rivera |
| Sr. DARIO VEGA DUARTE | Instructor de Leyes |
Una de las ventajas de la Escuela fue, que a su inicio se contaba con el buque GC-1, lo que permitió que se realizaran prácticas de navegación en el golfo de Fonseca con los alumnos y de esta forma ganar experiencia en la práctica.
